--embed --agent-only pythonVersion 2.7.5+ pythonImplementation CPython Birds ^ot:isTaxonExemplar ^ot:isTaxonExemplar otu420334 otu420335 ^ot:comment tree6579 Joseph Brown Joseph W. Brown 3599416 Thraupidae false pg_2829 Burns, Kevin J., Allison J. Shultz, Pascal O. Title, Nicholas A. Mason, F. Keith Barker, John Klicka, Scott M. Lanyon, Irby J. Lovette. 2014. Phylogenetics and diversification of tanagers (Passeriformes: Thraupidae), the largest radiation of Neotropical songbirds. Molecular Phylogenetics and Evolution 75: 41-77. 2014 Passerina ciris 887250 Passerina ciris Pheucticus tibialis 501889 Pheucticus tibialis Piranga ludoviciana 565244 Piranga ludoviciana Cardinalis cardinalis 307364 Cardinalis cardinalis Conothraupis speculigera 90895 Conothraupis speculigera Volatinia jacarina 946790 Volatinia jacarina Creurgops verticalis 528634 Creurgops verticalis Creurgops dentatus 872164 Creurgops dentatus Coryphospingus cucullatus 325412 Coryphospingus cucullatus Coryphospingus pileatus 779206 Coryphospingus pileatus Tachyphonus delatrii 922661 Tachyphonus delatrii Rhodospingus cruentus 393978 Rhodospingus cruentus Lanio versicolor 636280 Lanio versicolor Lanio fulvus 20545 Lanio fulvus Lanio leucothorax 916572 Lanio leucothorax Lanio aurantius 972934 Lanio aurantius Tachyphonus surinamus 941244 Tachyphonus surinamus Ramphocelus sanguinolentus 681198 Ramphocelus sanguinolentus Ramphocelus flammigerus 916570 Ramphocelus flammigerus Ramphocelus passerinii 681190 Ramphocelus passerinii Ramphocelus costaricensis 787424 Ramphocelus costaricensis Ramphocelus bresilius 1075693 Ramphocelus bresilius Ramphocelus carbo 107151 Ramphocelus carbo Ramphocelus melanogaster 916566 Ramphocelus melanogaster Ramphocelus nigrogularis 787421 Ramphocelus nigrogularis Ramphocelus dimidiatus 396688 Ramphocelus dimidiatus Tachyphonus coronatus 1073502 Tachyphonus coronatus Tachyphonus rufus 1073501 Tachyphonus rufus Tachyphonus phoenicius 916542 Tachyphonus phoenicius Tachyphonus rufiventer 916578 Tachyphonus rufiventer Tachyphonus luctuosus 922662 Tachyphonus luctuosus Tachyphonus cristatus 916543 Tachyphonus cristatus Trichothraupis melanops 599076 Trichothraupis melanops Eucometis penicillata 693654 Eucometis penicillata Iridophanes pulcherrimus 3599414 Tangara pulcherrima Chlorophanes spiza 244603 Chlorophanes spiza Chrysothlypis chrysomelas 819314 Chrysothlypis chrysomelas Chrysothlypis salmoni 3597314 Chrysothlypis salmoni Hemithraupis ruficapilla 4947628 Hemithraupis ruficapilla (species in family Fringillidae) Hemithraupis guira 784528 Hemithraupis guira Hemithraupis flavicollis 315823 Hemithraupis flavicollis Heterospingus xanthopygius 315830 Heterospingus xanthopygius Heterospingus rubrifrons 717091 Heterospingus rubrifrons Dacnis flaviventer 3597318 Dacnis flaviventer Dacnis cayana 90901 Dacnis cayana Dacnis hartlaubi 3597322 Dacnis hartlaubi Dacnis viguieri 3597316 Dacnis viguieri Dacnis lineata 1050032 Dacnis lineata Dacnis albiventris 3597323 Dacnis albiventris Dacnis nigripes 3597321 Dacnis nigripes Dacnis venusta 779207 Dacnis venusta Tersina viridis 150653 Tersina viridis Cyanerpes lucidus 273592 Cyanerpes lucidus Cyanerpes nitidus 89879 Cyanerpes nitidus Cyanerpes cyaneus 178472 Cyanerpes cyaneus Cyanerpes caeruleus 90890 Cyanerpes caeruleus Sporophila lineola 817090 Sporophila lineola Sporophila simplex 3597348 Sporophila simplex Sporophila telasco 128438 Sporophila telasco Sporophila peruviana 3597354 Sporophila peruviana Sporophila leucoptera 128444 Sporophila leucoptera Sporophila castaneiventris 772201 Sporophila castaneiventris Sporophila melanogaster 128440 Sporophila melanogaster Sporophila cinnamomea 128452 Sporophila cinnamomea Sporophila palustris 128436 Sporophila palustris Sporophila ruficollis 559739 Sporophila ruficollis Sporophila hypoxantha 128450 Sporophila hypoxantha Sporophila bouvreuil 650032 Sporophila bouvreuil Sporophila hypochroma 128448 Sporophila hypochroma Sporophila minuta 128442 Sporophila minuta Sporophila intermedia 1050523 Sporophila intermedia Sporophila corvina 468326 Sporophila corvina Oryzoborus funereus 972931 Oryzoborus funereus Oryzoborus angolensis 349670 Oryzoborus angolensis Sporophila torqueola 1050512 Sporophila torqueola Sporophila caerulescens 650030 Sporophila caerulescens Sporophila nigricollis 349673 Sporophila nigricollis Sporophila luctuosa 128446 Sporophila luctuosa Dolospingus fringilloides 364533 Dolospingus fringilloides Sporophila frontalis 3597349 Sporophila frontalis Sporophila albogularis 3597346 Sporophila albogularis Sporophila collaris 559741 Sporophila collaris Sporophila plumbea 238931 Sporophila plumbea Sporophila schistacea 946795 Sporophila schistacea Sporophila falcirostris 128454 Sporophila falcirostris Oryzoborus crassirostris 90865 Oryzoborus crassirostris Oryzoborus atrirostris 3597343 Oryzoborus atrirostris Oryzoborus maximiliani 20533 Oryzoborus maximiliani Oryzoborus nuttingi 3597342 Oryzoborus nuttingi Coereba flaveola 419369 Coereba flaveola Loxigilla noctis 726784 Loxigilla noctis Loxigilla barbadensis 4088 Loxigilla barbadensis Tiaris bicolor 1000571 Tiaris bicolor Melanospiza richardsoni 349672 Melanospiza richardsoni Certhidea olivacea 589949 Certhidea olivacea Certhidea fusca 527327 Certhidea fusca Pinaroloxias inornata 992256 Pinaroloxias inornata Camarhynchus heliobates 3597306 Camarhynchus heliobates Camarhynchus pauper 422530 Camarhynchus pauper Camarhynchus pallidus 963505 Cactospiza pallida Camarhynchus psittacula 419363 Camarhynchus psittacula Camarhynchus parvulus 419367 Camarhynchus parvulus Geospiza difficilis 419376 Geospiza difficilis Geospiza fortis 589951 Geospiza fortis Geospiza scandens 589959 Geospiza scandens Geospiza magnirostris 589955 Geospiza magnirostris Geospiza conirostris 589953 Geospiza conirostris Geospiza fuliginosa 589956 Geospiza fuliginosa Platyspiza crassirostris 589943 Platyspiza crassirostris Tiaris obscurus 422527 Tiaris obscura Tiaris fuliginosus 816895 Tiaris fuliginosus Tiaris canorus 349675 Tiaris canora Loxipasser anoxanthus 884086 Loxipasser anoxanthus Euneornis campestris 884088 Euneornis campestris Melopyrrha nigra 628898 Melopyrrha nigra Loxigilla violacea 90864 Loxigilla violacea Loxigilla portoricensis 90856 Loxigilla portoricensis Tiaris olivaceus 227256 Tiaris olivaceus Xenospingus concolor 423785 Xenospingus concolor Piezorhina cinerea 423790 Piezorhina cinerea Poospiza rubecula 501849 Poospiza rubecula Hemispingus rufosuperciliaris 578344 Hemispingus rufosuperciliaris Hemispingus goeringi 1071603 Hemispingus goeringi Compsospiza garleppi 83619 Poospiza garleppi Compsospiza baeri 83630 Poospiza baeri Poospiza hispaniolensis 83623 Poospiza hispaniolensis Poospiza nigrorufa 553173 Poospiza whitii Poospiza whitii 553173 Poospiza whitii Poospiza ornata 83639 Poospiza ornata Poospiza boliviana 83632 Poospiza boliviana Thlypopsis fulviceps 995515 Thlypopsis fulviceps Pyrrhocoma ruficeps 138768 Pyrrhocoma ruficeps Thlypopsis pectoralis 373417 Thlypopsis pectoralis Thlypopsis ornata 995539 Thlypopsis ornata Hemispingus superciliaris 578345 Hemispingus superciliaris Thlypopsis ruficeps 922664 Thlypopsis ruficeps Thlypopsis sordida 941242 Thlypopsis sordida Thlypopsis inornata 995541 Thlypopsis inornata Hemispingus melanotis 1034066 Hemispingus melanotis Hemispingus frontalis 1034073 Hemispingus frontalis Cypsnagra hirundinacea 90892 Cypsnagra hirundinacea Donacospiza albifrons 367394 Donacospiza albifrons Poospiza caesar 83634 Poospiza caesar Poospiza hypochondria 83626 Poospiza hypochondria Poospiza thoracica 430624 Poospiza thoracica Nephelornis oneilli 365544 Nephelornis oneilli Urothraupis stolzmanni 423787 Urothraupis stolzmanni Poospiza cabanisi 430792 Poospiza cabanisi Poospiza erythrophrys 83636 Poospiza erythrophrys Poospiza alticola 605363 Poospiza alticola Poospiza cinerea 916571 Poospiza cinerea Poospiza melanoleuca 83628 Poospiza melanoleuca Hemispingus trifasciatus 578347 Hemispingus trifasciatus Poospiza torquata 83641 Poospiza torquata Hemispingus parodii 767282 Hemispingus parodii Hemispingus calophrys 578356 Hemispingus calophrys Hemispingus atropileus 315825 Hemispingus atropileus Hemispingus reyi 939231 Hemispingus reyi Cnemoscopus rubrirostris 819299 Cnemoscopus rubrirostris Hemispingus xanthophthalmus 578351 Hemispingus xanthophthalmus Hemispingus verticalis 558078 Hemispingus verticalis Embernagra platensis 787934 Embernagra platensis Emberizoides ypiranganus 367396 Emberizoides ypiranganus Emberizoides duidae 3597297 Emberizoides duidae Emberizoides herbicola 885148 Emberizoides herbicola Coryphaspiza melanotis 3599805 Coryphaspiza melanotis Saltator atricollis 885165 Saltator atricollis Saltatricula multicolor 838937 Saltatricula multicolor Saltator nigriceps 922658 Saltator nigriceps Saltator cinctus 3597155 Saltator cinctus Saltator aurantiirostris 396689 Saltator aurantiirostris Saltator maxillosus 3597157 Saltator maxillosus Saltator grossus 396685 Saltator grossus Saltator fuliginosus 3597156 Saltator fuliginosus Saltator maximus 396683 Saltator maximus Saltator atriceps 396686 Saltator atriceps Saltator atripennis 396690 Saltator atripennis Saltator albicollis 817643 Saltator albicollis Saltator striatipectus 913675 Saltator striatipectus Saltator coerulescens 283670 Saltator coerulescens Saltator similis 547309 Saltator similis Saltator orenocensis 3597158 Saltator orenocensis Charitospiza eucosma 3599764 Charitospiza eucosma Xenodacnis parina 465922 Xenodacnis parina Phrygilus dorsalis 396696 Phrygilus dorsalis Phrygilus erythronotus 460167 Phrygilus erythronotus Diuca speculifera 3597355 Diuca speculifera Idiopsar brachyurus 99661 Idiopsar brachyurus Haplospiza unicolor 998130 Haplospiza unicolor Acanthidops bairdii 559735 Acanthidops bairdii Haplospiza rustica 99662 Haplospiza rustica Phrygilus unicolor 963028 Phrygilus unicolor Phrygilus plebejus 396695 Phrygilus plebejus Diglossa gloriosissima 621197 Diglossa gloriosissima Diglossa lafresnayii 665184 Diglossa lafresnayii Diglossa mystacalis 621200 Diglossa mystacalis Diglossa duidae 621191 Diglossa duidae Diglossa albilatera 621198 Diglossa albilatera Diglossa venezuelensis 621195 Diglossa venezuelensis Diglossa carbonaria 414856 Diglossa carbonaria Diglossa brunneiventris 621192 Diglossa brunneiventris Diglossa humeralis 79993 Diglossa humeralis Diglossa gloriosa 621199 Diglossa gloriosa Diglossa major 420989 Diglossa major Diglossa baritula 23956 Diglossa baritula Diglossa plumbea 621193 Diglossa plumbea Diglossa sittoides 621196 Diglossa sittoides Diglossa indigotica 99659 Diglossopis indigotica Diglossa glauca 99656 Diglossopis glauca Diglossa cyanea 3597291 Diglossopis cyanea Diglossa caerulescens 99657 Diglossopis caerulescens Catamenia homochroa 3597344 Catamenia homochroa Catamenia inornata 157499 Catamenia inornata Catamenia analis 178467 Catamenia analis Sicalis taczanowskii 3597298 Sicalis taczanowskii Sicalis uropygialis 3597303 Sicalis uropygialis Sicalis olivascens 922660 Sicalis olivascens Sicalis lutea 593414 Sicalis lutea Sicalis raimondii 3597304 Sicalis raimondii Sicalis auriventris 3597301 Sicalis auriventris Sicalis lebruni 3597299 Sicalis lebruni Sicalis luteocephala 491045 Sicalis luteocephala Sicalis columbiana 3597302 Sicalis columbiana Sicalis luteiventris 5561116 Sicalis luteiventris Sicalis luteola 528403 Sicalis luteola Sicalis flaveola 853515 Sicalis flaveola Phrygilus gayi 497208 Phrygilus gayi Phrygilus patagonicus 799135 Phrygilus patagonicus Phrygilus punensis 460165 Phrygilus punensis Phrygilus atriceps 396691 Phrygilus atriceps Melanodera melanodera 892287 Melanodera melanodera Melanodera xanthogramma 20546 Melanodera xanthogramma Rowettia goughensis 499938 Rowettia goughensis Nesospiza wilkinsi 957953 Nesospiza wilkinsi Nesospiza acunhae 957952 Nesospiza acunhae Sicalis citrina 3597300 Sicalis citrina Conirostrum bicolor 757871 Conirostrum bicolor Conirostrum margaritae 621194 Conirostrum margaritae Oreomanes fraseri 890392 Oreomanes fraseri Conirostrum ferrugineiventre 3597294 Conirostrum ferrugineiventre Conirostrum sitticolor 335227 Conirostrum sitticolor Conirostrum tamarugense 3597295 Conirostrum tamarugense Conirostrum cinereum 3597292 Conirostrum cinereum Conirostrum rufum 3597293 Conirostrum rufum Conirostrum albifrons 961464 Conirostrum albifrons Conirostrum leucogenys 3597296 Conirostrum leucogenys Conirostrum speciosum 90855 Conirostrum speciosum Nemosia pileata 365553 Nemosia pileata Cyanicterus cyanicterus 3599689 Cyanicterus cyanicterus Compsothraupis loricata 754709 Compsothraupis loricata Sericossypha albocristata 415528 Sericossypha albocristata Catamblyrhynchus diadema 1036286 Catamblyrhynchus diadema Incaspiza pulchra 3599858 Incaspiza pulchra Incaspiza ortizi 3599470 Incaspiza ortizi Incaspiza personata 3599722 Incaspiza personata Phrygilus fruticeti 497207 Phrygilus fruticeti Porphyrospiza caerulescens 545032 Porphyrospiza caerulescens Phrygilus carbonarius 497209 Phrygilus carbonarius Phrygilus alaudinus 838934 Phrygilus alaudinus Tangara cyanotis 582136 Tangara cyanotis Tangara labradorides 956057 Tangara labradorides Tangara rufigenis 3597361 Tangara rufigenis Tangara chilensis 559738 Tangara chilensis Tangara velia 1006804 Tangara velia Tangara callophrys 582139 Tangara callophrys Tangara mexicana 536138 Tangara mexicana Tangara inornata 817641 Tangara inornata Tangara seledon 885163 Tangara seledon Tangara fastuosa 956055 Tangara fastuosa Tangara cyanocephala 582135 Tangara cyanocephala Tangara cyanoventris 320945 Tangara cyanoventris Tangara desmaresti 582133 Tangara desmaresti Tangara chrysotis 582140 Tangara chrysotis Tangara xanthocephala 1006814 Tangara xanthocephala Tangara schrankii 430001 Tangara schrankii Tangara johannae 956058 Tangara johannae Tangara arthus 582142 Tangara arthus Tangara icterocephala 946071 Tangara icterocephala Tangara florida 956056 Tangara florida Tangara parzudakii 430005 Tangara parzudakii Tangara lavinia 956050 Tangara lavinia Tangara gyrola 69807 Tangara gyrola Tangara vassorii 1006806 Tangara vassorii Tangara nigroviridis 430017 Tangara nigroviridis Tangara fucosa 956054 Tangara fucosa Tangara dowii 582134 Tangara dowii Tangara rufigula 430011 Tangara rufigula Tangara punctata 430007 Tangara punctata Tangara xanthogastra 1006812 Tangara xanthogastra Tangara guttata 956053 Tangara guttata Tangara varia 430003 Tangara varia Tangara palmeri 430019 Tangara palmeri Tangara meyerdeschauenseei 430013 Tangara meyerdeschauenseei Tangara vitriolina 1006808 Tangara vitriolina Tangara cucullata 1033355 Tangara cucullata Tangara cayana 238925 Tangara cayana Tangara preciosa 320944 Tangara preciosa Tangara nigrocincta 430015 Tangara nigrocincta Tangara cyanicollis 582137 Tangara cyanicollis Tangara larvata 956051 Tangara larvata Tangara cyanoptera 582138 Tangara cyanoptera Tangara viridicollis 1006810 Tangara viridicollis Tangara phillipsi 3597359 Tangara phillipsi Tangara heinei 956059 Tangara heinei Tangara argyrofenges 582141 Tangara argyrofenges Thraupis cyanoptera 320953 Thraupis cyanoptera Thraupis abbas 680948 Thraupis abbas Thraupis palmarum 516965 Thraupis palmarum Thraupis ornata 320952 Thraupis ornata Thraupis sayaca 946076 Thraupis sayaca Thraupis episcopus 817632 Thraupis episcopus Tangara ruficervix 430009 Tangara ruficervix Wetmorethraupis sterrhopteron 946075 Wetmorethraupis sterrhopteron Bangsia arcaei 593405 Bangsia arcaei Bangsia melanochlamys 593407 Bangsia melanochlamys Bangsia rothschildi 895343 Bangsia rothschildi Bangsia edwardsi 895344 Bangsia edwardsi Bangsia aureocincta 895345 Bangsia aureocincta Chlorochrysa calliparaea 244597 Chlorochrysa calliparaea Chlorochrysa nitidissima 895350 Chlorochrysa nitidissima Chlorochrysa phoenicotis 9377 Chlorochrysa phoenicotis Gubernatrix cristata 317731 Gubernatrix cristata Diuca diuca 23961 Diuca diuca Neothraupis fasciata 365559 Neothraupis fasciata Lophospingus pusillus 474151 Lophospingus pusillus Lophospingus griseocristatus 320950 Lophospingus griseocristatus Paroaria coronata 301064 Paroaria coronata Paroaria dominicana 80421 Paroaria dominicana Paroaria gularis 320949 Paroaria gularis Paroaria capitata 396694 Paroaria capitata Paroaria baeri 718834 Paroaria baeri Stephanophorus diadematus 320946 Stephanophorus diadematus Schistochlamys ruficapillus 320948 Schistochlamys ruficapillus Schistochlamys melanopis 415519 Schistochlamys melanopis Cissopis leverianus 583311 Cissopis leverianus Calochaetes coccineus 244599 Calochaetes coccineus Iridosornis jelskii 895352 Iridosornis jelskii Iridosornis rufivertex 320951 Iridosornis rufivertex Iridosornis reinhardti 895342 Iridosornis reinhardti Iridosornis analis 636246 Iridosornis analis Iridosornis porphyrocephalus 895340 Iridosornis porphyrocephalus Thraupis bonariensis 559737 Thraupis bonariensis Pipraeidea melanonota 142577 Pipraeidea melanonota Dubusia taeniata 665190 Dubusia taeniata Delothraupis castaneoventris 665186 Delothraupis castaneoventris Saltator rufiventris 922659 Saltator rufiventris Anisognathus notabilis 593416 Anisognathus notabilis Anisognathus somptuosus 593418 Anisognathus somptuosus Anisognathus lacrymosus 593412 Anisognathus lacrymosus Anisognathus igniventris 593413 Anisognathus igniventris Anisognathus melanogenys 593415 Anisognathus melanogenys Buthraupis aureodorsalis 895347 Buthraupis aureodorsalis Buthraupis eximia 895346 Buthraupis eximia Chlorornis riefferii 937492 Chlorornis riefferii Buthraupis wetmorei 895349 Buthraupis wetmorei Thraupis cyanocephala 433922 Thraupis cyanocephala Buthraupis montana 767689 Buthraupis montana Parkerthraustes humeralis 23959 Parkerthraustes humeralis Orchesticus abeillei 3599594 Orchesticus abeillei ot:time Myr Bayesian inference node1143603 node1143595 false true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true false true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true 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